Auch der folgende Zwiegesang Papagenos und Paminas ("Könnte jeder brave Mann solche Glöckchen finden") gehört zu jenen Weisen, die nicht für das Theater, sondern auf grüner Wiese erfunden worden zu sein scheinen. -- Feierlich ertönt ein Chor der Priester. Gütig schreitet Sarastro auf Pamina zu und beruhigt ihr geänstigtes Herz. Auch Tamino, den Monostatos herbeischleppt, wird von Sarastro nicht bestraft, sondern wohlwollend aufgenommen. Nur der Mohr empfängt für seine "Tüchtigkeit" siebenundsiebzig Sohlenstreiche. Und als er schreit "Ach Herr, den Lohn verhoff ich nicht", antwortet Sarastro mit abgründigem Humor: "Nicht Dank, es ist ja meine Pflicht." Mit einem großen Chorgesang auf Tugend und Gerechtigkeit schließt der erste Akt.

Ein feierlicher Marsch der Priester leitet das Geschehen ein. Die Priesterschaft ist mit Sarastro einig, dass man die beiden Fremden den Prüfungen unterziehen solle (Arie mit Chor: "O Isis und Osiris"). -- Tamino und Papageno werden in einen Vorhof des Tempels geführt. Zwei Priester befragen die Fremdlinge. Tamino will sich den Prüfungen unterwerfen, um der höchsten Weisheit teilhaftig zu werden. Doch Papageno verzichtet auf Weisheit, wenn er nur genug zu essen und zu trinken hat. Erst als man ihm ein Weibchen verheisst, das ihm an Farbe und Kleid ganz ähnlich ist und sich Papagena nennt, will auch er die Prüfungen wagen. (In dem Zwiegesang der Priester "Bewahret Euch vor Weibertücken: dies ist des Bundes erste Pflicht" flackert wieder ein abgründiger Humor auf: Mozart und Schikaneder mögen sich aus ihrer Logenzeit manches Freimaurers erinnert haben, der weniger Weisheit als Zuflucht vor der Frau bei den Logenveranstaltungen suchte.) Den beiden allein gelassenen Weisheitssuchern erscheinen die drei Damen, um ihnen Zweifel zu machen über die Redlichkeit Sarastros, aber trotz einigen Entgleisungen Papagenos halten die beiden Jünglinge der Prüfung stand: sie schweigen.

Im nächtlichen Garten schläft Pamina. Der Mohr hält seine Stunde für gekommen. Die Leidenschaft der Sinne geht mit ihm durch. Sein körperliches Verlangen drückt sich aus in der Geschwind-Arie: "Alles fühlt der Liebe Freuden." Musikalisch ein tolles Stück mit den aufgeregten Läufen der Flöte (mit Pikkoloflöte!) und den hämmernden Streichern. Als der Mohr sich auf Pamina stürzen will, erscheint die Königin der Nacht. Sie verlangt von ihrer Tochter, dass sie Sarastro töten solle. Pamina ist entsetzt, doch die nächtliche Königin fährt in wilder Wut auf: "Der Hölle Rache kocht in meinem Herzen" (innere Verwandtschaft mit der vor Sinnlichkeit kochenden Arie des Mohren). Als die Königin verschwunden ist, naht Monostatos; er hat alles gehört und stellt seine Forderung: entweder er verrät Pamina und ihre Mutter, oder Pamina gibt sich ihm zum Liebchen. Da erscheint Sarastro als Retter. Der Schwarze geht, um es "nun bei der Mutter zu versuchen". Sarastro zerstreut Paminas Furcht, dass er sich rächen würde; denn "In diesen heil'gen Hallen kennt man die Rache nicht".

Tamino und Papageno werden in eine Halle geführt, wieder sollen sie schweigen. Papageno schwatzt mit einem alten Weibe; doch gerade als sie ihren Namen nennen soll (sie ist die verkleidete Papagena), ertönt ein Donnerschlag, und eilig humpelt die Alte davon. Papageno tröstet sich schnell, als die drei Knaben ihnen Speisen bringen und Glöckchenspiel und Zauberflöte dazu. Pamina kommt herbei, glücklich, den Geliebten wiedergefunden zu haben. Aber Tamino bleibt standhaft -- er redet kein Wort, obowhl er dadurch Pamina zu Tode kränkt. In Paminens Abschiedsarie "Ach, ich fühl's, es ist verschwunden ewig hin der Liebe Glück" schwingt jene schlichte Schermut, der man bei Mozart so häufig begegnet.

In einem Garten stehen die drei Knaben (die übrigens mittlerweile unmerklich in den Dienst Sarastros getreten sind.) Das Terzett "Bald prangt, den Morgen zu verkünden" gehört zum innigsten und wohllautendsten, was uns Mozart geschenkt hat. Pamina naht, in ihrer Verzweiflung will sie sich dem Tod geben, wird daran aber von den Knaben gehindert. Sie führen sie zu Tamino.

In einem Berge zur Rechten lodert ein mächtiges Feuer, in einem anderen Berge donnert ein gewaltiger Wasserfall. Zwei Geharnischte führen Tamino herein und lesen ihm eine Inschrift vor, die über dem Feuer-Wasser-Wege steht: "Der, welcher wandert diese Strasse voll Beschwerden . . . " Dieser Gesang ist eine alte Chormelodie von ernstem, schreitendem Charakter. Begleitet von Flöte, Oboe, Fagott und Posaune singen die beiden Geharnischten einstimmig die feste Melodie. Verstärkt wird der feierliche Charakter durch eine fugierte Streicherbegleitung (dieses Fugato und die Tonart c-moll stellen die innere Verwandtschaft zur Ouvertüre her).

Der welcher wandelt diese Strasse

-- Pamina naht; sie darf Tamino auf seinem Wege begleiten. Wenn die Stimmen der beiden Geharnischten und der beiden Liebenden ineinanderklingen im "Wir wandeln durch des Tones Macht", dann tut sich eine Welt auf von unirdischer Erhabenheit. Erregend die Ablösung dieses Klangbildes durch die hohle, nur von Pauke und Blechbläsern gestützte Melodie der Zauberflöte, zu deren Klang die Liebenden Feuer und Wasser unversehrt durchschreiten. Beglückt singen Tamino und Pamina "Wir wandern durch die Feuersgluten ...", und wieder klingt die Musik wie aus einer andern Welt. In strahlender Schönheit ersteht vor beiden der Tempel der Isis. Ein Chor der Priester beschließt das Bild in weihevoller Größe. Wie verzaubert schreiten die Liebenden auf den Tempel zu.

Papageno hat die Prüfungen nicht bestanden und findet auch sein Weibchen nicht. Soviel er auch ruft, "Papagena, liebes Täubchen! Papagena, Herzensweibchen!" -- nichts antwortet ihm. Nun, so will er sich aufhängen: "Diesen Baum da will ich zieren." Doch wie er sich umständlich ans Werk begibt, erinnern ihn die drei Knaben an sein Glöckchenspiel. Was seinem Rufen nicht gelingen wollte, das gelingt den Glöckchen: das Vogelweibchen erscheint. Und die Vogelmenschen begrüßen sich sehr stilecht mit einem gackernden: "Pa-Pa-Pa-Pa-Pa-Pa- Pagena" und "Pa-Pa-Pa-Pa-Pa-Pa-Pageno". Ohne Umschweife geben die beiden endlich Vereinten bekannt, dass sie sich recht viele kleine Papagenos und Pagagenas wünschen. Als sie Hand in Hand davongerannt sind, erscheinen die Königin der Nacht, ihre drei Damen und der Mohr. In unheimlichem c-moll vereint sich das Stimmenquintett: Sarastros Tempel soll überfallen, Pamina befreit und des Mohren Frau werden. Unter Donner und Sturm verwandelt sich die Bühne in eine Strahlensonne, die Mächte der Finsternis müssen weichen, in den Sonnenstrahlen stehen die Priester, Sarastro, die drei Knaben, Tamino und Pamina. Ein Chor "Heil sei euch Geweihten" beendet die Oper in der Tonart Es-dur, in der Tonart des Vorspiels: